然而，在醫學上，生物潔凈室通常用于控制微生物污染。在生物潔凈室中，這些微生物多由細菌和真菌組成，粒徑在0.2um以上，常見的細菌都在0.5um以上，且大多附著在其他顆粒上。生物污染的渠道不僅僅是通過空氣，還與人體和操作人員的服裝有關。在醫學研究領域，生物實驗室、無菌實驗室以及用于生化和醫學實驗的“特殊動物”飼養室也需要控制微生物污染。

凈化工程潔凈室溫濕度控制凈化工程潔凈空間的溫度和濕度主要是根據工藝要求來確定的，但在滿足工藝要求的條件下，也要考慮到舒適度。隨著空氣潔凈度要求的提高，對溫度和濕度的要求也有越來越嚴格的趨勢。具體工藝對溫度的要求后面會列出，但作為一般原理，由于加工精度越來越精細，所以對溫度波動范圍的要求越來越小。例如，在大規模集成電路生產的光刻曝光工藝中，玻璃與作為掩模材料的硅片之間的熱膨脹系數差要求越來越小。

硅片直徑為100um，溫升1度，上升0.24um線性膨脹，所以必須有±0.1度的恒溫，濕度也要求值一般較低，因為人在出汗，產品會有污染，特別怕大半導體車間，車間溫度不應超過25度，濕度高的問題較多。當相對濕度超過55％時，冷卻水管壁會結露，如果在精密設備或電路中發生，會引起各種事故。當相對濕度為50％時，容易生銹。