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lncRNA測(cè)序

長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指長度大于200 nt的RNA,位于細(xì)胞核內(nèi)或胞漿中,不參與蛋白質(zhì)編碼功能,以RNA形式在多種層面上(表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等)調(diào)控基因的表達(dá)水平,在生命活動(dòng)中具有重要作用。CmRNA相對(duì)表達(dá)量變化從圖中可以擴(kuò)增曲線可以看出目的RNA擴(kuò)增效果,溶解曲線可以看出引物識(shí)別特異性情況,通過使用ΔΔCt方法計(jì)算可以得到每個(gè)組中目的mRNA表達(dá)變化。

長鏈非編碼RNA測(cè)序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度,對(duì)富集到的 RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建,再對(duì)高通量測(cè)序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中全部的lncRNAs信息,對(duì)lncRNAs的類別、功能進(jìn)行的深入分析,從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程(例如發(fā)育、疾病等)相關(guān) lncRNA信息。實(shí)驗(yàn)流程:細(xì)胞固定-細(xì)胞膜破膜-蛋白封閉-目的蛋白結(jié)合-熒光二抗結(jié)合-DAPI染色-熒光顯微鏡拍照或激光共聚焦顯微鏡拍照。

凝膠阻滯遷移電泳檢測(cè)服務(wù)(EMSA)

凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)是一種研究DNA/RNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA/RNA結(jié)合序列相互作用的技術(shù),可用于定性和定量分析。依據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,設(shè)計(jì)標(biāo)記探針、非標(biāo)記探針、蛋白特異性抗ti等參照物,基于DNA-蛋白質(zhì)或RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體在聚bing烯酰胺凝膠電泳(PAGE)中有不同遷移率的原理,當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子與特異的DNA或RNA結(jié)合后,其在PAGE中的遷移率將小于未結(jié)合核蛋白轉(zhuǎn)錄因子的DNA,從而檢測(cè)到活化的與DNA或RNA結(jié)合的蛋白轉(zhuǎn)錄或調(diào)節(jié)因子。雙向電泳分離待測(cè)樣品(1)一相等電聚焦前處理按照所用儀器的廠商提供操作手冊(cè)進(jìn)行。

二、使用說明

1、裝載探針

對(duì)于刺激時(shí)間較短(通常為2小時(shí)以內(nèi))的細(xì)胞,先裝載探針,后用活性氧陽性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞。對(duì)于細(xì)胞刺激

時(shí)間較長(通常為6小時(shí)以上)的細(xì)胞,先用活性氧陽性對(duì)照及自己感興趣的刺激細(xì)胞,后裝載探針。

原位裝載探針:本方法僅適用于貼壁培養(yǎng)細(xì)胞。按照1:1000用無培養(yǎng)液稀釋DCFH-DA,使終濃度為10微摩爾/升。去除細(xì)胞培養(yǎng)液,加入適當(dāng)體積稀釋好的DCFH-DA。加入的體積以能充分蓋住細(xì)胞為宜,通常對(duì)于六孔板的一個(gè)孔加入稀釋好的DCFH-DA的體積為1毫升。通過識(shí)別個(gè)體基因組在特定位點(diǎn)的特定序列重復(fù),即可創(chuàng)建其基因檔案。37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱內(nèi)孵育20分鐘。用無細(xì)胞培養(yǎng)液洗滌細(xì)胞三次,以充分去除未進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)的DCFH-DA。

7.如何檢測(cè)引物的純度?

答:實(shí)驗(yàn)室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝膠進(jìn)行電泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和,上樣前加熱變性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是變性,二是增加樣品比重,容易加樣。SNP是我們考察遺傳變異的單位,據(jù)估計(jì),人類的所有群體中大約存在一千萬個(gè)SNP位點(diǎn)。600V電壓進(jìn)行電泳,一定時(shí)間后(約2-3小時(shí)),剝膠,用熒光TLC板在紫外燈下檢測(cè)帶型,在主帶之下沒有雜帶,說明純度是好的。如果條件許可,也可以用EB 染色或銀染方式染色。

而有的廠家提供Maldi-TOF質(zhì)譜QC質(zhì)量控制,從而保障了合成的準(zhǔn)確率:

Bioneer使用多重Maldi-TOF質(zhì)譜儀進(jìn)行全自動(dòng)裝載及監(jiān)測(cè)。 每份樣品的質(zhì)譜分析數(shù)據(jù)將自動(dòng)插入到寡核苷酸的信息單中。針對(duì)預(yù)測(cè)的靶蛋白結(jié)合RNA的序列設(shè)計(jì)引物,做qPCR實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證預(yù)測(cè)的RNA是否與靶蛋白有結(jié)合,或者將分離出來的RNA做高通量測(cè)序,篩選到可能與靶蛋白結(jié)合的RNA。Bioneer是世界上僅有的幾個(gè)對(duì)生產(chǎn)的每份核苷酸 (單個(gè)寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF質(zhì)譜儀檢測(cè)進(jìn)行核苷酸QC檢測(cè)的廠商,而且免費(fèi)提供質(zhì)譜數(shù)據(jù)。

8.如何計(jì)算引物的濃度?

答:引物保存在高濃度的狀況下比較穩(wěn)定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情況下,建議將引物的濃度配制成50pmol/ul,加水的體積(微升)按下列方式計(jì)算:V (微升)= OD數(shù)*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。高l效液相色譜法適用于能在特定填充劑的色譜柱上進(jìn)行分離的藥品的分析測(cè)定,特別是多組分藥品的測(cè)定、雜質(zhì)檢查和大分子物質(zhì)的測(cè)定。引物的分子量可以從合成報(bào)告單上獲得。如果需要配制成其他濃度,按上述公式換算。

注意:1 OD260= 33 ug/ml.

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