需要考慮食品車間凈化工程的系統穩定性，包括環境控制系統的運行穩定性、設備選型的穩定性和通風管道的穩定性等。凈化工程需要對醫院人員進行培訓，使其能夠正確使用潔凈工具及設備，并保證潔凈區域的使用符合規范。為了維護車間內的高潔凈度，車間必須經過定期的自我檢測或第三方檢測，以確保車間的潔凈度達到特定的標準要求，保障車間生產線穩定正常運行。

這樣會導致空調整體運行費用，而那些較高潔凈級別的房間的潔凈度效果卻未必能滿足需求。而且集中送風系統只要空調機出現故障，就會造成這臺空調機所涉及的全部潔凈室停止運行。由于凈化車間(如百級間)需要百級甚至十級層流罩用以解決工藝需求，潔凈室吊頂上部將設立一個個巨大的送風靜壓箱，靜壓箱內設立通風機，這些靜壓箱連同送風管、回風管占據了很大的空間，使得維修空間變的狹小，有時甚至影響消防通道的使用。跟著社會的發展，人們對食物的要求也越來越高，一些出產食物以及藥品等的百級無塵車間要求也是非常高的。俗話說病從口入，假如出產食物或的百級無塵車間不符合要求，那么出產出來后誰敢食用啊。

選擇與安裝FFU時應注意的事項：風機過濾器單元簡稱為“FFU”是一個自帶送風機(無殼風機)的過濾器送風口，它與其龍骨系統、加壓風機、冷卻盤管、新風系統以及燈具共同組成了FFU系統。凈化車間FFU使用須知：如果通過增減FFU數量的方法，就可以局部調整房間的潔凈度布局，用以滿足工藝的改動，而且FFU自帶動力、風口、燈具，從而可以節省大量的投資。也就是將風機和過濾器(過濾器或超過濾器)組合在一起構成自身能提供動力的末端凈化設備。過去在潔凈工程中常用的帶風機的過濾器的送風口、自凈器、層流罩等都是FFU的一種。