生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。生物有機肥對實現資源節約型、環境友好型社會具有重要意義，是實現農業可持續發展的必然選擇。生物有機肥替代化肥，不僅提高了農產品的產量和品質，為種植戶帶來的客觀的經濟收益，更重要的是避免了傳統化肥對土壤環境的污染、并保障了農產品的食用安全。

育苗土中添加化肥的量可根據其有效養分含量推算，一般100千克育苗土中加過磷酸鈣3千克、硫酸鉀0.2千克、硫酸銨0.5千克。如果采用床土育苗，一般每平方米苗床土用生物有機肥2千克，撒施后結合翻地與15厘米耕層內的土壤混合均勻后播種。生物有機肥廠家認為這樣做能調理土壤中微生物活躍率、克服土壤板結、增加土壤空氣通透性。減少水分流失與蒸發、減輕干旱的壓力、保肥、減少化肥、減輕鹽堿損害，在減少化肥用量或逐步替代化肥的情況下，提高土壤肥力，使蔬菜大幅度增產。

有機肥菌劑廠家發現微生物活動可以分解土壤中被固定的磷鉀，提供作物吸收，減少肥料用量有機肥廠表示，使用有機化肥時除了要了解土壤的濕度、溫度以及ph值意外，還應該在施肥過程當中嚴格控制施肥量。由于有機化肥的營養成分比普通肥料高很多，所以肥料用量相對較少。由于它的反應比較強烈，很難在土壤中長期存在。因此，在施肥過程中要嚴格控制施肥量，避免肥料流失，使施肥的經濟效益有所降低。