水源染是“兩蟲”疾病大的源，后的救治成本遠高于提前預防成本，已成為各國需要防控的公共衛生疾病。我國于2006年頒布的《生活飲用水衛生標準》在微生物學指標中增加了“兩蟲”的檢驗，對飲用水“兩蟲”指標進行監測的重要性可見一斑。“兩蟲”嚴重威脅著人們的飲用水，水質監測單位面臨著嚴格的考驗。

水體中“兩蟲”的檢測方法多為磁分離法和熒光法。磁分離操作過程繁鎖、要求手工操作且操作者需十分細心，儀器使用成本高、維護困難，檢測難度較大，一定程度上限制了該檢測法的實用性及普及性。熒光法借助的熒光顯微鏡來區分雜質和兩蟲。

水中檢測“兩蟲”的意義

鑒于它們的孢囊或卵囊在受生活污水污染的地表水、處理不良的自來水中均可檢出。美國自來水協會對美國1976—1994年間水媒性流行病作了調查，從數據顯示：飲用水中由病原微生物引起的流行疾病，其暴發率只占24.5%，但致病率卻高達82.5%。其他一些國家也有類似的因供水而引起的病原微生物暴發。基于賈第鞭毛蟲致病劑量為10－100個活性孢囊，致病劑量較低，隱孢子蟲致病劑量為1－10個活性卵囊。因“兩蟲”的孢囊和卵囊對人的小劑量非常接近的，假定人飲水量為2.5L/天，以10Ｌ水樣為一個采樣單位，其中“兩蟲”的孢囊和卵囊的數量小于1個即是安全的。在1998年，英國是個對飲用水中“兩蟲”提出量化標準的國家。隨著我國經濟的發展和水源污染的加劇，以及生活方式的改變，發達國家遇到的問題很可能也出現在我國，所以應引以為戒、未雨綢繆，為了保障飲用水安全，實施供水，國家上述標準和國家的《城市供水水質標準》（CJ/T206-2005）都把這“兩蟲”作為微生物指標來考核，限值均是在10升水中不得檢出1個孢囊或卵囊。

常規水質檢測方法：微量成分

水質的微量成分主要通過水質檢測儀器進行分析。 這些主要包括原子吸收光譜法、氣相和液相色譜法、等離子體發射光譜法。 系統地理解各種水質指標的含義至關重要。 對于任何水生生態環境，檢測和分析結果都是通過嚴格挑選的指標進行的。 總之，水質的微量成分必須通過這些儀器進行檢測。

氧化還原和電化學方法

典型的常規水質檢測方法是氧化還原法和電化學法。 離子選擇電極有水的電導率、氧化還原電位，以及包括pH在內的多種金屬離子等各種指標。 其中大部分以溶解量和氯離子含量為指標。

在采集水樣之前，必須做好有關的調查和了解。例如對于水體的采樣，應事先了解流域范圍內城市和工業的布局及廢水排放情況，農業區化肥的使用及污水灌溉情況以及河流的流量、河床寬度和深度等水文情況；對于工業廢水的采樣，則應事先了解工廠性質、產品和原材料、工藝流程、物料衡算、下水管道的市局、排水規律以及廢水中污染物的時、空量的變化等。

由于被分析的水體性質和分析目的、分析項目的不同，取樣點、取樣量、采樣器和取樣方法等也不盡相同。