廢水和其中的污染物是生產工藝過程的產物，因此改革生產工藝，實行清潔生產是消滅或減少廢水危害的根本措施。通過工藝及設備的改革可以把廢水消滅于生產過程之中，這樣既可以提高原輔材料的利用率，又可減少廢水的處理費用。這方面工作應由生產工藝工程師及環境工程師共同合作完成。應該認識到保護環境不只是環境工程師的工作，而是要從污染源頭進行控制。

常用的方法，如用無毒或低毒的原料代替高毒或的原料，用生物可降解物質代替生物難降解物質等。此外要盡可能地不用和少用排放標準中規定限止性物質，特別是一些要求嚴格的物質，這樣就可以減輕廢水處理的負擔。例如現在對廢水中的氨氮濃度有較嚴格的要求，這樣就要求在生產中盡可能少用氨水或液氨。例如以前在調節廢水pH時，有的處理工藝用氨水調節，則出水中的氨氮就會大大超標，也增加了廢水的生化處理的難度。同樣的原理我們應少用做氧化劑，少用硝基化合物、氯代烴做溶劑。

在廢水中投加帶正離子的混凝藥劑，大量正離子在膠體粒子之間的存在以消除膠體粒子之間的靜電排斥，從而使微粒聚結，這種通過投加正離子電解質的方法，使得膠體微粒相互聚結的過程稱為凝聚。常用地凝聚劑有硫酸鋁、硫酸亞鐵、明礬、氯化鐵等。絮凝是在廢水中加入高分子混凝藥劑，高分子混凝藥劑溶解后，會形成高分子聚合物。這種高聚物的結構是線型結構，線的一端拉著一個微小粒子，另一端拉著另一個微小粒子，在相距較遠兩個粒子之間起著粘結架橋的作用，使得微粒逐漸變大，形成大顆粒的絮凝體（俗稱礬花），加速顆粒沉降。