飲料生產對車間的環境衛生問題要求很高，需要安裝風淋系統、消毒機器等，工作人員進出車間要經過風淋室進行除塵。同時其他與加工無關的產品禁止帶入車間。另外，員工要穿潔凈服，戴上口罩等進入車間。此外，飲料生產還需要細分幾個車間，比如原料間、生產間、包材間、清洗消毒間等，避免生產過程中，污染食品。

飲料生產離不開加工工藝，不同飲料所有差別，但是大體相同。一般來說，飲料生產包括水處理、凈化、軟化、調配、過濾、殺菌、清洗、灌裝、封蓋、包裝等多道工序，其中涉及的飲料加工機械有飲料前處理設備、飲料殺菌設備、飲料灌裝機、理瓶機/吹瓶機/洗瓶機、封蓋三合一體機等。這些都是飲料連續化、自動化生產中不可或缺的飲料加工設備。

植物蛋白飲料本身即是優良的微生物培養基。據有人試驗，滅菌豆奶暴露在空氣中20分鐘后，細菌即可達無法計數。由此可見，無論哪個生產環節沒有做好嚴格的殺菌工作，都可能導致飲料的劣變：如pH值下降，分層沉淀，變質等。

人們往往不重視設備、容器、管道的嚴格消毒滅菌工作，在使用后、停產前僅用熱水甚至冷水沖洗。我們認為，蛋白飲料連續生產。如要中斷生產，在24小時以內，可分別在停機后和開機前用沸水將所有接觸料液部分浸沒沖洗10分鐘以上；超過24小時，必須用65℃、2%水沖洗5分鐘以上（如有結垢，應在洗凈堿水后，再用2%液清洗5分鐘以上），再用開水沖洗10分鐘后備用。

樣品接收后

樣品管理員在樣品包裝進行消毒處理后再交給檢測人員。

一般樣品本身沒有性，做好外包裝消毒即可，可適當選用紫外光照射、酒精擦拭等方式進行消毒。進行揮發性有機物測試的樣品不可采用酒精消毒。樣品消毒后在樣品室待檢區存放24小時后再交由檢測人員進行檢測，除非樣品有效期短，不允許。

如果樣品本身可能有性，務必充分做好人員防護。