除了光引導原位合成技術外，有的公司如美國 Incyte Pharmaceuticals 等使用壓電打印法 (Piezoelectric printing) 進行原位合成。其裝置與普通的彩色噴墨打印機并無兩樣，所用技術也是常規的固相合成方法。做法是將墨盒中的墨汁分別用四種堿基合成試劑所替代，支持物經過包被后，通過計算機控制噴墨打印機將特定種類的試劑噴灑到預定的區域上。沖洗、去保護、偶聯等則同于一般的固相原位合成技術。如此類推，可以合成出長度為 40 到 50 個堿基的探針，每步產率也較前述方法為高，可達到 99% 以上。

現階段，因為敏感度限制，大部分方式必須在標識與分析時對樣品開展適度的程序增加，但是也有很多人嘗試繞開這一難題，如MosaicTechnologies企業引入的固相PCR方式，引物設計非特異強，無而且免去了液相處理繁瑣；LynxTherapeutics企業引入大規模的并行處理固相法(Massivelyparallelsolid-phasecloning)，可在一個樣品中并且對不計其數的DNA精彩片段開展，且不用獨立和處理分離出來每一個。

將芯片與待研究的cDNA或其他樣品雜交，經過計算機掃描和數據處理，便可以觀察到成千上萬個基因在不同組織或同-組織不同發育時期或不同生理條件下的表達調控情況。熒光標記的cDNA與芯片上相匹配的DNA序列發生雜交反應，是的芯片上的點呈現出熒光信號，熒光信號的強度和基因表達的多度呈正相關。基因芯片這種微型化裝置具有巨大的容量，是科學家在單次試驗中就可以分析整個基因組的變化。