電容式指紋識別要比光學式的復雜許多，其原理是將壓力感測、電容感測、熱感測等感測器整合于一塊芯片中，當指紋按壓芯片表面時，內部電容感測器會根據指紋波峰與波谷而產生的電荷差（或是溫差），形成指紋影像，再通過與手機內部的指紋庫進行匹配，從而完成指紋識別。電容式指紋識別是利用硅晶元與導電的皮下電解液形成電場，指紋的高低起伏會導致二者之間的壓差出現不同的變化，借此可實現準確的指紋測定。在登記過程中，用戶需要先采集指紋，然后計算機系統將自動進行特征提取，提取后的特征將作為模板保存在數據庫或其他的地方。

在登記過程中，用戶需要先采集指紋，然后計算機系統將自動進行特征提取，提取后的特征將作為模板保存在數據庫或其他的地方。光學式指紋識別主要包括4個方面功能：指紋模塊負責采集指紋圖像。數字信號處理器主要把采集到的指紋圖像轉化為數字信號。有人曾提出用汗腺孔來進行指紋識別，但這種方法要求指紋采集設備要具有非常高的分辨率。所以在實際的系統中沒有采用。

盡管指紋識別技術已經進入了民用領域，但是其工作原理其實還是比較復雜的。與人工處理不同，生物識別技術公司不直接存儲指紋的圖像。然而因為電容式指紋識別擁有體積小、適用性廣的優點，已經有越來越多的設備采用電容式指紋識別，未來的主流將是電容式指紋識別。在登記過程中，用戶需要先采集指紋，然后計算機系統將自動進行特征提取，提取后的特征將作為模板保存在數據庫或其他的地方。

多年來，各生物識別技術公司及其研究機構研究了許多指紋識別算法。中心點和三角點在刑偵系統中普遍使用，而在民用系統中并不常用。但各種識別算法終都歸結為在指紋圖像上找到并比對指紋的特征。這就是指紋識別技術的基本原理，即采集指紋圖像并進行比對指紋特征。從普遍意義上來講，可以定義指紋的兩類特征來進行指紋的驗證：總體特征和局部特征。