次氯酸水消毒劑可以用在衛生機構、各類公共場所、食品加工、餐飲店、家庭等多種場合。各種對象的消毒，包括內窺鏡、手術器械；瘡口/創面、皮膚黏膜；空氣、手部、物體表面和織物、水果蔬菜、餐飲具、二次供水設備設施的消毒。次氯酸是無機小分子，可以穿透微生物的細胞壁、細胞膜、破壞微生物的蛋白質、核酸等生命物質。殺滅微生物的機理；穩定性、安全性和對物體的損害；影響消毒效果的因素。

次氯酸水消毒劑，一般是現做現用，質保期非常短，不添加穩定劑的情況下難以長期穩定保存。特別是電解水需要足夠的導電率，水越純越不易導電，因此需要添加大量的電解質成分，產品的穩定性和安全性受到影響。在同等保存條件下，如果保存超過3個月以上，其他工藝的消毒劑中的有效氯自然衰減會無法達到有效消毒的效果。所以在消毒劑行業中，要達到1年質保期的其他工藝的次氯酸水消毒劑，需要將濃度提升到100ppm甚至更高，如250ppm以上，才能在質保期內抵消有效氯的自然衰減，從而達到既定的消毒效果。

凡是能溶于水產生次氯酸水的消毒劑，統稱為含氯消毒劑。它是一種古老的消毒劑，但至今為止任然是一種優良的消毒劑。含氯消毒劑的消毒能力，取決于有效氯含量(相當于多少氯的氧化能力)。

次氯酸在殺菌和殺病毒過程中,不僅可作用于細胞壁、病毒外殼,而且因次氯酸分子小,不帶電荷,還可滲透入菌(病毒)體內,與菌(病毒)體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應,從而病原微生物 R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O。同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使其細胞喪失活性。

與強酸性電解水相比較，次氯酸水消毒劑有那些優點?次氯化鈉生產過程中產生同等數量的堿性水，而堿性水利用率通常較低、用量較小，如果不經適當處理直接排放，既浪費寶貴的水資源又易對環境造成污染。次氯酸水消毒劑用無隔膜電解方式生產，原料液全部生成次氯酸水，不產生任何廢水，因此，可以節約水資源，提高電解水利用率。相同濃度下,次氯酸的消毒效果是84消毒液的80倍。次氯酸對幾乎所有對健康有威脅的病菌都具有破壞性。且殺滅菌率高達99.999%，達到了標準。