如果船舶在營運過程中安排人工清洗油艙，船長應首先考慮到人員進入密閉艙室的安全問題。提前預訂添加劑，并確保計劃執行燃油艙清潔的輪機長和輪機員知道如何正確使用添加劑。與租家及時溝通，為聘請工程隊清洗合理安排好船期。進入程序必須遵守國際海事組織第A.1050(27)號決議關于《進入船上密閉艙室的建議案》中的安全措施。

清洗方法所用時間是基于航運實踐的經驗總結，并不一定適用于每一船舶。IMO也表示，船舶為滿足0.50%m/m含硫量上限而備艙所需的時間和工作量難以預估。船舶進入船塢進行燃油艙清洗所需要的時間因船而異，但一般來說每個燃油艙清洗的平均耗時為2-4天，再加之對船舶燃油系統管路的沖洗。建議會員船東還應盡早安排船舶油艙清潔的各項工作，以滿足即將到來的2020全球限硫新標準。

一些航運公司在更換使用燃油艙之前會使用化學添加劑進行清洗。實踐證明，這是減少清洗油艙非常有效和經濟的方式之一。每艘船徹底完成清洗和沖洗需要的時間大約為1-2周。經過上述徹底清洗和沖洗的油艙和管路，在接收合規的燃油后，基本可以滿足公約的排放要求。船舶產生的廢水主要包括壓艙水、洗艙水、艙底水等。其中洗艙水是船舶產生的廢水之一，是指船舶上用來清洗油艙。